反渗透专用阻垢剂的效果机制有三个方面:
1. 络合和增溶效果:
反渗透阻垢剂溶于水后电离，构成带负电的分子链。与Ca2+构成水溶性络合物或螯合，然后增加无机盐的溶解度，起到阻垢效果。
2. 晶格畸变效应:
反渗透阻垢剂分子中的某些官能团占有无机盐晶体核或微晶上的一定位置，阻挠和破坏无机盐晶体的正常成长，减缓晶体的成长速度，然后削减盐垢的构成;
3.静电排斥效果:反渗透阻垢剂溶于水中后，吸附在无机盐微晶上，增大颗粒间的排斥力，阻挠其聚集，使其处于良好的分散状态，然后避免或削减结垢的构成。缓蚀剂和阻垢剂的效果机理也有三种:
1. 缓蚀剂和阻垢剂中的碱性物质与水中的钙、镁盐产生化学反应构成沉积物，经过污水排放排出循环水系统，降低水中的钙。镁离子的浓度阻挠它们构成水垢。
2. 缓蚀剂和阻垢剂中的有机物增加了水渣的流动性，使其易于排放。一起，有机物还在金属表面构成阻隔层和维护膜，避免受热面构成水垢，维护受热面不受腐蚀，确保设备不受腐蚀的正常运转。
3.缓蚀剂、阻垢剂投入循环水运转后，还会与长期运转中产生的旧垢产生化学反应，使旧垢掉落，达到除垢的目的。
因而，反渗透阻垢剂与循环水腐蚀阻垢剂不同，不可替代。反渗透阻垢剂的价格远高于腐蚀阻垢剂，一般反渗透阻垢剂的价格较高，而循环水腐蚀阻垢剂的价格则便宜得多。如果在反渗透系统中参加循环水腐蚀阻垢剂，会直接阻塞反渗透膜组件，更严峻的会造成膜组件报废，丢失不可估量。
